Structural Alerts in MolTox

ID Alert Name Number of Alerts Reference
0 Chelating agents 55 1. Agrawal A, Johnson SL, Jacobsen JA, Miller MT, Chen LH, Pellecchia M, Cohen SM. Chelator fragment libraries for targeting metalloproteinases. ChemMedChem. 2010 Feb 1;5(2):195-9.
1 Acute Aquatic Toxicity 54 1. Hermens JL. Electrophiles and acute toxicity to fish. Environmental Health Perspectives. 1990;87:219-225.
      2. Henk J.M. Verhaar, Cees J. van Leeuwen, Joop L.M. Hermens, Classifying environmental pollutants, Chemosphere, Volume 25, Issue 4, 1992, Pages 471-491.
2 Covalent Bind With Protein 108 1. Enoch SJ, Ellison CM, Schultz TW, Cronin MTD. (2011). A review of the electrophilic reaction chemistry involved in covalent protein binding relevant to toxicity. Crit Rev Toxicol 41:783-802. 
3 Respiratory Sensitization 52 1. Enoch SJ et al, Development of Mechanism-Based Structural Alerts for Respiratory Sensitization Hazard Identification. Chem. Res. Toxicol., 2012, 25 (11), pp 2490¨C2498
5 Mitochondrial Toxicity 17 1. Nelms MD, Mellor CL, Cronin MT, Madden JC, Enoch SJ. Development of an in silico profiler for mitochondrial toxicity. Chemical research in toxicology. 2015 Sep 24;28(10):1891-902.
6 Non genotoxic carcinogenicity 22 1. Benigni R, Bossa C, Tcheremenskaia O. Nongenotoxic carcinogenicity of chemicals: mechanisms of action and early recognition through a new set of structural alerts. Chemical reviews. 2013 Mar 8;113(5):2940-57.
8 Skin sensitization 135 1. Payne MP, Walsh PT. Structure-activity relationships for skin sensitization potential: development of structural alerts for use in knowledge-based toxicity prediction systems. Journal of chemical information and computer sciences. 1994 Jan;34(1):154-61.
      2. Barratt MD, Basketter DA, Chamberlain M, Admans GD, Langowski JJ. An expert system rulebase for identifying contact allergens. Toxicology in vitro. 1994 Oct 1;8(5):1053-60.
      3. Enoch SJ, Madden JC, Cronin MT. Identification of mechanisms of toxic action for skin sensitisation using a SMARTS pattern based approach. SAR and QSAR in Environmental Research. 2008 Jul 1;19(5-6):555-78.
      4. Gerner I, Barratt MD, Zinke S, Schlegel K, Schlede E. Development and prevalidation of a list of structure-activity relationship rules to be used in expert systems for prediction of the skin-sensitising properties of chemicals. Alternatives to laboratory animals: ATLA. 2004 Nov;32(5):487-509.
9 Alert from Top200 Drug 82 1. Stepan AF, Walker DP, Bauman J, Price DA, Baillie TA, Kalgutkar AS, Aleo MD. Structural alert/reactive metabolite concept as applied in medicinal chemistry to mitigate the risk of idiosyncratic drug toxicity: a perspective based on the critical examination of trends in the top 200 drugs marketed in the United States. Chemical research in toxicology. 2011 Jul 11;24(9):1345-410.
10 Genotoxic carcinogenicity mutagenicity 81 1. Ashby J, Tennant RW. Chemical structure, Salmonella mutagenicity and extent of carcinogenicity as indicators of genotoxic carcinogenesis among 222 chemicals tested in rodents by the US NCI/NTP. Mutation Research/Genetic Toxicology. 1988 Jan 1;204(1):17-15.
      2. Kazius J, McGuire R, Bursi R. Derivation and validation of toxicophores for mutagenicity prediction. Journal of medicinal chemistry. 2005 Jan 13;48(1):312-20.
      3. Bailey AB, Chanderbhan R, Collazo-Braier N, Cheeseman MA, Twaroski ML. The use of structure¨Cactivity relationship analysis in the food contact notification program. Regulatory Toxicology and Pharmacology. 2005 Jul 31;42(2):225-35.
      4. Benigni R, Bossa C. Structure alerts for carcinogenicity, and the Salmonella assay system: a novel insight through the chemical relational databases technology. Mutation Research/Reviews in Mutation Research. 2008 Oct 31;659(3):248-61.
11 Kidney Toxicity 6 1. Pizzo F, Gadaleta D, Lombardo A, Nicolotti O, Benfenati E. Identification of structural alerts for liver and kidney toxicity using repeated dose toxicity data. Chemistry Central Journal. 2015 Dec 1;9(1):62.
12 Hepatotoxicity 36 1. Liu R, Yu X, Wallqvist A. Data-driven identification of structural alerts for mitigating the risk of drug-induced human liver injuries. Journal of cheminformatics. 2015 Dec 1;7(1):4.
      2. Pizzo F, Gadaleta D, Lombardo A, Nicolotti O, Benfenati E. Identification of structural alerts for liver and kidney toxicity using repeated dose toxicity data. Chemistry Central Journal. 2015 Dec 1;9(1):62.
      3. Hewitt M, Enoch SJ, Madden JC, Przybylak KR, Cronin MT. Hepatotoxicity: a scheme for generating chemical categories for read-across, structural alerts and insights into mechanism (s) of action. Critical reviews in toxicology. 2013 Aug 1;43(7):537-58.
13 Developmental and mitochondrial toxicity 12 1. Structural alerts for devlopmental toxicity and mitochondrial toxicity molecular initiating events (Lhasa), Mukesh,P et al. 2014 
14 Covalent Bind With DNA 111 1. Benigni R and Bossa C. Structure alerts for carcinogenicity, and the Salmonella assay system: a novel insight through the chemical relational databases technology.  Mutation Research 2008, 659, 248-261.
      2. Enoch SJ, Cronin MTD. A review of the electrophilic reaction chemistry involved in covalent DNA binding. Crit Rev Toxicol 2010,40(8),728-748.
      3. Kalgutkar AS et al.  A comprehensive listing of bioactivation pathways of organic functional groups. Current Drug Metabolism 2005; 6, 161-225.
      4. Kazius J et al.  Derivation and Validation of Toxicophores for Mutagenicity Prediction. J Med Chem 2005; 48, 312-320.
      5. Mekenyan O et al.  Identification of the Structural Requirements for Mutagenicity by Incorporating Molecular Flexibility and Metabolic Activation of Chemicals I: TA100 Model.  Chem Res Toxicol 2004, 17, 753-766.
      6. Mekenyan O et al. Identifying the Structural Requirements for Chromosomal Aberration by Incorporating Molecular Flexibility and Metabolic Activation of Chemicals.  Chem Res Toxicol 2007, 20, 1927-1941.
      7. Serafimova R et al.   Identification of the Structural Requirements for Mutagencitiy, by Incorporating Molecular Flexibility and Metabolic Activation of Chemicals. II. General Ames Mutagenicity Model. Chem Res Toxicol 2007, 20, 662-676.
15 Idiosyncratic toxicity Metabolic activation 32 1. Kalgutkar AS, Soglia JR. Minimising the potential for metabolic activation in drug discovery. Expert opinion on drug metabolism & toxicology. 2005 Jun 1;1(1):91-142.
16 Potential electrophilic agents 119 1. Enoch SJ, Ellison CM, Schultz TW, Cronin MT. A review of the electrophilic reaction chemistry involved in covalent protein binding relevant to toxicity. Critical reviews in toxicology. 2011 Oct 1;41(9):783-802.